Quá trình lên men mắm tôm bắt buộc phải sử dụng chính một loại enzyme có trong ruột của loài giáp xác này để lên men, các vi khuẩn phân huỷ khác phải bị kiềm chế bằng nồng độ muối khá cao trong mắm tôm. Nhờ đó hương vị chính của mắm tôm là hương vị của enzyme này tạo ra. Khi nào mùi vị của mắm tôm giống như mùi vị của ruột con tôm trong đầu con tôm tươi sống là có thể dùng được.